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被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获探针

更新时间:2022-09-08

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厂商性质:生产厂家

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简要描述:
被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获探针(myBaits Angiosperms 353)是从600种被子植物中,筛选353个单拷贝核基因,作为捕获序列,利用k-medoid聚类法设计靶向捕获探针,RNA探针长度120 bp,对被子植物的353个单拷贝核基因进行定向捕获测序。
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Plant Universal — Angiosperms 353

被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获探针

myBaits Angiosperms 353是从600种被子植物中,筛选353个单拷贝核基因,作为捕获序列,利用k-medoid聚类法设计靶向捕获探针,RNA探针长度120 bp,对被子植物的353个单拷贝核基因进行定向捕获测序。平均每个物种覆盖283个基因,所有被子植物至少覆盖100个直系同源单拷贝核基因。每个物种至少靶向137 kbp,最大捕获区域为250 kbp,另外覆盖了212 kbp的非编码区。


产品特点

低起始量 - 1 ng-3 μg,推荐100-500 ng

覆盖广 - 捕获覆盖整个目标序列

兼容性 - 兼容NGS文库制备,允许多个碱基错配  

高精度 - 近缘和远缘的个体或者种群精准捕获,不引入biases

低投入 - 节约时间成本和经费成本

高通量 - 多个文库同一反应进行,每个反应pooling 2-16个样本

通用性 - 适用于被子植物的系统进化分析,建立DNA条形码


产品应用

• 系统发生学

• 进化关系的分析

• 内含子测序

• 发现可变区域

• DNA Barcoding

• 对目标序列的富集程度进行评价


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基因覆盖效率

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Figure 1. Heatmap of Gene Recovery Efficiency. Each row  is one sample, and each column is one gene.  Colors indicate the percentage of the target  length (calculated by the mean length of all  k-medoid transcripts for each gene) recovered.  Numbers indicate the Input Category (see main  text).


解决方案

我们提供的不仅仅是Angiosperms 353产品,而是基于靶向捕获测序技术的基因组学整体解决方案!

完整流程:DNA提取→纯度和浓度检测→DNA片段化→测序文库制备→文库质检→杂交捕获→捕获序列富集→PCR产物纯 化→PCR产物质检→测序→生物信息学分析。


文献引用

• Johnson M. et al. (2018) A universal probe set for targeted sequencing of 353 nuclear genes from any flowering  plant designed using k-medoids clustering[J]. Systematic Biology.

• Singhal S. et al. (2017) Squamate Conserved Loci (Sq CL): A unified set of conserved loci for phylogenomics and  population genetics of squamate reptiles[J]. Molecular ecology resources. doi: 10.1111/1755-0998.12681

• Shaffer H B. et al. (2017) Phylogenomic analyses of 539 highly informative loci dates a fully resolved time tree for the  major clades of living turtles (Testudines)[J]. Molecular Phylogenetics and Evolution. doi: 10.1016/j.ympev.2017.07.006


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