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myBaits Expert 16S-Hyb panel

更新时间:2022-09-15

访问量:39

厂商性质:生产厂家

生产地址:

简要描述:
myBaits Expert 16S-Hyb Panel 运用杂交捕获技术,可以富集整个 16S 基因,而不仅仅是一两个高变区(hypervariable regions)。与 16S 扩增子测序相比,具有更好的分类分辨率和更少的偏差。此试剂盒结合宏基因组方法,还可以有效鉴别全新表型的稀有微生物,并降低单个样本的测序深度。
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myBaits Expert 16S-Hyb panel

鉴别样本中微生物种类并定义微生物群落内关系,在人类健康、环境调查、动物保护和农业改良等方面均有重要的应用。  16S rRNA 测序,经常用于鉴定和分析样本的微生物群落组成。

myBaits Expert 16S-Hyb Panel 运用杂交捕获技术,可以富集整个 16S 基因,而不仅仅是一两个高变区(hypervariable  regions)。与 16S 扩增子测序相比,具有更好的分类分辨率和更少的偏差。此试剂盒结合宏基因组方法,还可以有效鉴 别全新表型的稀有微生物,并降低单个样本的测序深度。将 16S-Hyb rRNA 基因富集测序与低覆盖度shotgun法测序相结合, 可以更高效地鉴别宏基因组样本中的微生物种群,比单独的shotgun法测序成本低,并且比 16S 扩增子测序更准确。

myBaits Expert 16S-Hyb Panel 为完整试剂盒,包含各种 blockers 、杂交探针和验证过的操作流程。此外,我们也提供 全流程的技术服务。


产品特点

快捷 – 可直接使用shotgun法的 NGS 文库进行捕获测序

低成本 – 可用较少的测序量鉴别宏基因组样本中的稀有类群

低偏差 – 有效避免 16S 扩增子测序引入的扩增偏差

高分辨率 – 检测全部保守和高变区域

开放平台 – 与各种 NGS 文库平台兼容,包括长读长测序

组分齐全 – 试剂盒包括 NGS 文库捕获所需的所有试剂


产品应用

• 宏基因组学

• 环境采样

• 古 DNA

• 微生物组分析

• 长读长测序

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与扩增子测序法相比,16S-Hyb 准确性更高

在人造模拟群落、⼩鼠粪便和⼤鼠结肠的样本中,比较 myBaits 16S 捕获测序、16S 扩增⼦测序和⻦枪法宏 基因组测序法。未经富集的宏基因组测序(shotgun)收集到的数据,16S 约占总数据量的 0.1-0.2%;与之相 比,myBaits 16S-Hyb 捕获测序中,60-70% reads 可以比对到 16S 区域,在模拟群落样本中富集了 350  倍,⼩鼠粪便和⼤鼠结肠样本中富集了 450 倍。myBaits 16S-Hyb 捕获测序与扩增子测序法相比,无论用  MiSeq 或 HiSeq 测序,样本富集图谱更接近于模拟群落组成和shotgun法图谱。

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图1 模拟样本类群分析

样本“BEI Resources 模拟群落"包含已知含量的细菌群(第5列),分别使⽤16S扩增⼦测序- MiSeq PE 300(第1列)、myBaits 16S-HybMiSeq PE 300(第2列)、myBaits 16S-Hyb-HiSeq PE 150(第3列)和⻦枪法宏基因组测序-HiSeq PE 150(第4列)。 杂交捕获和shotgun测序的 reads 过滤后,使⽤ bbmap 比对到GreenGenes 数据库分析。扩增子测序的 reads 用 Dada2 pipeline 处理后比对到GreenGenes 数据库。

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图2. 16S 扩增子测序 vs 16S Hyb vs shotgun

从⼩鼠粪便和⼤鼠结肠中提取的DNA样本,分别使用 16S 扩增⼦测序-  MiSeq PE 300(第1,5 列),myBaits 16S-Hyb- MiSeq PE 300(第 2,6列),myBaits 16S-Hyb-HiSeq PE 150(第3,7列)和⻦枪法宏基 因组测序-HiSeq PE 150(第 4,8 列)进行分析。 杂交捕获和shotgun法测序的 reads 过滤后,使⽤ bbmap 比对到 GreenGenes  数据库分析。扩增子测序的 reads 用 Dada2 pipeline 处理后比对到  GreenGenes 数据库。


产品列表

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