RNA免疫共沉淀测序（RIP-seq）

技术简介

RNA免疫共沉淀测序（RNA Immunoprecipitation Sequencing, RIP-seq）是一种将RNA免疫共沉淀（RIP）与二代测序技术（NGS）相结合，用于研究细胞内RNA与蛋白相互作用的技术。

技术原理

利用目标蛋白的特异性抗体将相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，经过富集和纯化后，对结合在复合物上的RNA进行高通量测序，从而在全转录组范围内分析细胞内RNA与蛋白的结合情况，揭示RNA分子与RNA结合蛋白（RBP）的相互作用，包括非编码RNA与蛋白的互作。

实验流程图

应用领域

• 全转录组范围内揭示RNA分子与RBP互作：帮助研究人员了解 RBP 在细胞内的作用机制，以及它们如何调控 RNA 的代谢过程，如转录、剪接、转运、稳定性和翻译等。

• 发现miRNA的调控靶点：通过分析与AGO蛋白等结合的RNA，确定miRNA的靶mRNA，从而深入研究miRNA在基因表达调控中的作用，以及其与疾病发生、发展的关系。

• 研究疾病相关的RNA-蛋白相互作用：例如在癌症研究中，揭示肿瘤细胞中异常的RNA-蛋白相互作用，为肿瘤的诊断、治疗和药物研发提供新的靶点和思路。

分析流程