RAP-seq技术——无需特异性抗体，高效解析RNA-蛋白互作调控网络

在细胞的生命活动中，RNA结合蛋白（RBP）与RNA的互作如同精密的“分子开关"，调控着mRNA的稳定性、翻译效率及亚细胞定位等关键过程。无论是植物应对盐碱干旱的逆境适应，还是人类疾病中的基因表达异常，这些生命现象的调控机制均与RBP与RNA的动态互作密切相关。然而，传统技术如RIP-seq、CLIP-seq受限于抗体质量和通量瓶颈，难以高效解析这类互作网络。

蓝景科信RAP-seq技术：突破传统的互作研究方案

RNA亲和纯化测序（RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq） 是蓝景科信自主研发的创新技术，通过体外重组蛋白表达-RNA亲和捕获-高通量测序的全流程设计，实现了RBP结合RNA的高效鉴定。

技术流程：

1. 重组蛋白制备：体外表达带标签（如HaloTag）的目标RBP；

2. RNA亲和纯化：重组蛋白与总RNA孵育，特异性捕获互作RNA；

3. 高通量测序和分析：分离结合RNA，构建文库并测序，解析互作转录本。

RAP-seq vs 传统技术：三大优势

RAP-seq的多维应用场景

l  植物逆境应答：解析RBP在干旱、盐碱、高温等胁迫下的调控网络； 

l  发育生物学：追踪胚胎发育、器官分化中的RNA-蛋白互作动态； 

l  疾病机制研究：筛选癌症、神经退行性疾病中异常表达的RBP及其靶RNA； 

l  作物育种：鉴定调控产量、品质的关键RBP，辅助分子育种。 

应用案例：RAP-seq在植物逆境研究中的应用

案例一：胡杨耐盐机制的分子解码

文章标题：Populus euphratica GRP2 Interacts with Target mRNAs to Negatively Regulate Salt Tolerance by Interfering with Photosynthesis, Na⁺, and ROS Homeostasis

期刊：International journal of molecular sciences

技术应用：利用RAP-seq鉴定胡杨GRP2蛋白结合的mRNA，发现其通过靶向光合作用相关基因（如PETC、RBCMT）和抗氧化酶基因（SOD[Mn]、CDSP32），抑制耐盐相关通路，揭示GRP2作为负调控因子的分子机制。

案例二：杨树耐旱基因的互作网络解析

文章标题：Rare variations within the serine/arginine-rich splicing factor PtoRSZ21 modulate stomatal size to determine drought tolerance in Populus

期刊：New Phytologist

技术应用：RAP-seq揭示PtoRSZ21蛋白直接结合自噬相关基因PtoATG2的mRNA，通过可变剪接调控气孔发育，证明该蛋白通过重塑RNA互作网络增强耐旱性。