在表观遗传学研究中，寻找转录因子的调控位点是困扰科学家的难题，经典的ChIP-seq技术存在很多弊端，最主要的是抗体问题，对于非模式植物更难入手。与ChIP-seq相比，DAP-seq将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合，不需要针对每个转录因子制备特异性抗体，所以DAP-seq具有快速、高通量、节约时间成本等显著优势。
DAP-seq是研究非模式植物顺反组和表观组的有力技术，大大扩展和加深了科学家们研究的转录因子结合位点信息。它能够捕获全部转录结合位点，因此能获得完整的密码本。并且，DAP-seq无需复杂和专门的实验设备，这种方法可用于所有模式或非模式植物。这为我们提供了一扇窗口，来发现调控序列中表观遗传变异影响植物性状的机制。
DAP-seq实验流程：
构建体外蛋白表达载体→体外蛋白表达→DNA文库构建→亲和纯化→上机测序
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