1.软件介绍及下载安装
Gephi是一款开源、免费软件，可用于各种图形和网络的可视化，是主流网络可视化软件之一。在生物科学领域，常用于基因共表达网络、蛋白互作网络、微生物相互关系网络等等类似的网络图形绘制。
安装包约100MB左右，安装过程比较简单，一直确认/下一步就好了。目前该软件支持多种语言界面包括英语、中文等。
2.界面简介
3.数据准备与说明
跟所有网络图绘制工具一样，Gephi同样需要导入类似网络图格式数据。一般简单常见的网络图数据包括：edges(边文件)和nodes(节点文件)。格式如下：
edges(边文件)记录了边的数据，是网络图的核心，简单的边文件由三列组成：source、target、weight。以下是解释：
source：该边的起点、出发点、源。
target：该边的终点、目标。
weight：边的权重，用数值表示，不考虑权重的可全部设置为1。
colour：设置相关性（例如正相关设置为红色，负相关设置为蓝色）
nodes(节点文件)用于描述点的属性，对最基本的网络图而言是可有可无的。如导入节点文件必须注意id列：
id：点的ID，应与边文件中的source、target内容匹配。
除以上的基础列外，我们还能添加任意名称的任意列，用于图形中表达。如上面的节点文件则添加了一列kingdom，绘图时将kingdom映射颜色选项，即可用不同颜色表示不同的kingdom分类。
4.数据导入
导入方式很简单，如下图：文件 -> 导入电子表格
先选择已准备好的边文件，Gephi会自动识别文件的格式与数据类型，如测试数据为CSV格式，自动检测分隔符为逗号。
点击下一步，可以勾选想要导入的列和调整数据类型，因为source和target是必须的，所以显示为灰色必选。
点击完成，会展示输入报告。可看到导入的节点数和边数，图的类型可选【有向】和【无向】，若选【有向】，网络图的边将会出现小箭头，以表示边的指向。右边两个选项分别是将数据导入到【新工作区】和【添加到现在的工作区】。现在我们没创建工作区所以选【新工作区】，而接下来导入节点文件时，我们将选【添加到现在的工作区】。
然后再导入节点文件，过程一样就不再贴图了，注意最后一项要选【添加到现在的工作区】。
5.图形调整
刚导入的边和节点数据可以在【数据表格】里看到，另外如果用到右边的统计方法，其计算结果也会保存在这里。
在右框可以计算平均度和模块化等，点击“运行"，获得统计结果，后弹出方框后退出即可。
刚导入数据后可以看到图区是乱糟糟的一团，图界面下方可以调节边的权重尺度，标签是否显示，选择显示标签，字体大小尺度等。
回到图形界面，我们在布局区里的选择一个布局方法，这里用【Fruchterman Reingold】，大家也可以尝试不同的布局。点击【运行】，软件会按照算法对网络图进行布局调整，待图形稳定后再点击【停止】。也可以拖动图上的点手动调整点的位置。
现在看起来就比较规整，关系密切的点聚集到一块，而且可以看到边的线条有粗细之分，其实就是边数据的weight权重映射到线条宽度上，权重大的线条就粗。
纯黑白的太单调了，给它点颜色瞧瞧！！！
可以用节点文件附加的kingdom列以及边文件中colour用来映射颜色，我们在外观设置区选择【节点->分割】，在【选择一种渲染方式】的下拉菜单里会有点文件数据里的各属性列，选择之后Gephi会给kingdom列的各项自动分配一个颜色，也可手动调整，再点击【应用】。
接下来调整节点的大小。在外观设置区选择【节点->大小->排名】，下拉菜单里有一个默认选项【度】，即按照点的连接数调整点的大小，连接多的点就大，尺寸范围也可以调整。或者利用右边的统计工具计算一下【平均加权度】再映射到节点的大小上，如此图形的表现就更丰富了。
6.图形导出
进入【预览】界面，可以预览导出的图形；进入【预览设置】界面，还有很多可选可调的参数，如边的【弯曲】【透明度】等。下方的【刷新】按钮用于刷新预览图形，【SVG/PDF/PNG】按钮用于将图形导出至不同的格式。最后导出图片。
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