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DNA亲和纯化测序技术(DAP-seq)——近期发表的文章

发布时间:2022-09-06   点击次数:64次

在功能基因组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。然而,好的抗体可遇不可求,这限制了ChIP-seq更广泛的应用。

DAP-seq技术的出现,使TFBS 的研究不再局限于物种,不再受抗体质量的限制,为生命科学领域转录因子的研究提供了新的有效工具。

蓝景科信为您提供DAP-seq全流程技术服务和个性化数据分析,具有100多个物种,500多个转录因子的实战经验。欢迎咨询。


已做物种

植物:

拟南芥、茎瘤芥、甘蓝型油菜、白菜型油菜、不结球白菜、菜心、小麦、大麦、花生、辣椒、番茄、草莓、黄花棘豆、苦荞、红薯、木薯、马铃薯、普通烟草、人参、鸭茅、yingsu、甘蔗、短芒大麦草、二色补血草、烟草、百脉根、芍药、丹参、狗尾草、菠菜、玉米、大豆、高粱、藜麦、陆地棉、甜瓜、黄瓜、葡萄、灰毡毛忍冬、粉葛、三叶青、猕猴桃、香蕉、蒺藜苜蓿、紫花苜蓿、伴矿景天、苔藓、地钱、毛果杨、717杨、84K杨、小黑杨、胡杨、山新杨、小叶杨、欧美杨、大青杨、毛白杨、刚毛柽柳、白桦、光皮桦、油松、毛竹、麻竹、银杏、油桐、荔枝、柑橘、甜橙、欧洲云杉、核桃、柿子、闽楠、木荷、脐橙、板栗、枣、枳、杜梨、苹果、桃、樱桃、麻疯树、茶树、梅、月季、海岛棉

动物:

驴、飞蝗、新孢子虫

真菌:

拟轮枝镰孢菌、猪苓真菌、意大利青霉、草酸青霉、腐霉、金黄壳囊孢、灵芝、糙皮侧耳、草菇、灰盖鬼伞、虫草、亚洲镰刀菌

细菌:

路德维希肠杆菌、嗜热厌氧杆菌、生氮假单胞菌、伯克赫尔德氏菌、布鲁氏菌、肺炎克雷伯菌


以下是近期蓝景科信的客户发表的DAP-seq相关文章:


2022年10月,浙江大学农业与生物技术学院宋凤鸣课题组的最新研究成果,发表在学术期刊Journal of Integrative Plant Biology(IF=9.106)上,文章题目为“The NAC transcription factor ONAC083 negatively regulates rice immunity against Magnaporthe oryzae by directly activating transcription of the RING-H2 gene OsRFPH2-6"。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq) 技术鉴定了水稻中转录因子ONAC083的结合基序和靶基因。进一步研究揭示了OsNAC083通过结合ACGCAA元件影响OsRFPH2-6转录,进而负调控水稻对稻瘟病的抗性。


2022年9月,中国热带农业科学院热带生物技术研究所功能基因研究组在杂志Plant Biotechnology Journal(IF=13.263)在线发表了题为 “A CC-type glutaredoxin, MeGRXC3, associates with catalases and negatively regulates drought tolerance in cassava (Manihot esculenta Crantz)" 的研究论文,证实了CC类谷氧还蛋白MeGRXC3可以在转录和转录后水平调控过氧化氢酶的活性、影响过氧化氢在叶片表皮不同类型细胞中的分布,从而调控木薯对干旱胁迫的响应。


2022年8月,广西大学农学院甘蔗生物学重点实验室/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室张木清/姚伟研究团队在

Journal of Experimental Botany(IF=7.298)在线发表了题为“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling"的研究论文,该研究发现了一个甘蔗新的AP2家族转录因子ScAIL1,通过靶向DELLA调节JA与GA合成,平衡植物生长与防御。



2022年8月,安徽农业大学、中国水稻研究所和上海市农业科学院作物育种栽培研究所在The Plant Journal(IF=5.726)期刊联合发表了题为“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice"的文章,揭示了OsSGT1和ABI5相互作用,调控OsAPX1的表达,促进褪黑素改善种子在铬污染条件下萌发的分子机制。


2022年8月,扬州大学生物科学与技术学院、植物功能基因组学教育部重点实验室高勇课题组在The Plant Cell(IF=12.085)上在线发表了题为“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid"的研究论文,揭示了光敏色素互作因子(phytochrome interacting factors, PIFs)通过协调红光和脱落酸(ABA)信号调节气孔开度的分子机制。


2022年7月,北京市农林科学院玉米DNA指纹及分子育种北京市重点实验室、齐鲁师范大学玉米分子育种研究院的共同研究成果,在学术期刊Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)上发表,题目为“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles"。本文主要研究内容是鉴定了玉米花青素合成相关等位基因ZmR1CQ01,并揭示了3个ZmR1等位基因的生物学功能和分子调控机制。


2022年5月,中科院植物所王雷研究组在Plant Physiology(IF=8.005)期刊上发表了题为“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance"的研究成果。该研究揭示了OsCCA1调控水稻适应盐胁迫、干旱胁迫以及渗透胁迫的分子机制。其中,该研究使用了DNA亲和纯化测序技术(DAP-seq,DNA Affinity Purification Sequencing),鉴定了水稻生物钟核心组分OsCCA1(Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1)调控的下游靶基因。


2020年4月,北京工商大学与蓝景科信合作,Biochemical and Biophysical Research Communications(IF=3.322)发表了题为“ Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling"的文章,为揭示PIFs转录因子调控ABA信号转导机制提供了重要线索。


2019年9月,北京林业大学和蓝景科信合作,在植物学主流学术期刊Journal of Experimental Botany上(IF=5.36),发表了题为“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H±ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance"的研究成果。该研究借助DNA亲和纯化测序(DNA Affinity Purification Sequencing,DAP-seq)技术,深入揭示了胡杨耐盐的分子机制。

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