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超保守元件(UCE)探针

更新时间:2024-03-19

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厂商性质:生产厂家

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简要描述:
超保守元件(UCE)探针
UCE 是序列高度保守的基因组区域,在其侧翼有很多可变序列。因为许多基因组区域在大的分类范围内共享,在新物种和非模式物种的研究方面,这些关键区域作为系统发育的理想目标捕获候选区域已被定义和开发。 Arbor Biosciences 为各种分类学类群提供一系列即用型 UCE 探针,包括脊椎动物、昆虫和植物中鉴定出的类似的保守直系同源基因位点。

超保守元件(UCE)探针


超保守元件(Ultra Conserved Elements, UCEs)是序列高度保守的基因组区域,在其侧翼有很多可变序列。因为许多基 因组区域在大的分类范围内共享,在新物种和非模式物种的研究方面,这些关键区域作为系统发育的理想目标捕获候选 区域已被定义和开发。 Arbor Biosciences 为各种分类学类群提供一系列即用型 UCE 探针,包括脊椎动物、昆虫和植物中 鉴定出的类似的保守直系同源基因( Conserved Orthologous, COS )位点。


产品特点

预设计 - 由专家设计,可立即使用 

结果经验证 - 被同行认可的论文不断增多 

流水线分析 - 简单、方便的数据分析  

性价比高  - 多个远亲类群使用一套探针集

完整的解决方案   - 试剂盒包括所有必要的试剂 

应用范围广 - 具有适用性高的通用 Panels


产品应用

• 系统发生学 

• 群体遗传学 

• 系统发生树 

• 侧翼区捕获


即用型 PANELS

脊椎动物 • 辐鳍鱼类 0.5Kv1 • 鲈形目 1Kv1 • 骨鳔鱼类 2.7Kv1 • 脊椎动物 2.5Kv1、5Kv1 和 5Kv2B


无脊椎动物 • 蛛形纲 1.1Kv1 • 蜘蛛目 2Kv1 • 鞘翅目 1.1Kv1 • 双翅目 2.7Kv1 • 半翅目 2.7Kv1 • 膜翅目 1.5Kv1、2.5Kv2P、2.5Kv2A 和 2.5Kv2AB • 鳞翅目 1.3Kv1 • 新 panels 咨询


产品列表

类别

产品名称

产品详情

辐鳍鱼类

myBaits UCE Actinopterygians 0.5Kv1

含2001个探针(120mer),可以富集辐鳍鱼类中的 500个 UCE 位点

鲈形目

myBaits UCE Acanthomorph 1Kv1

含 2628个探针(120 mer), 可以富集鲈形目中的 1314个UCE 位点

骨鳔鱼类

myBaits UCE Ostariophysan2.7Kv1

含 6737 个探针(120 mer),可以富集骨鳔鱼类中的 2708 个 UCE 位点

菊科

myBaits COS Compositae 1Kv1

含 9678 个探针(120 mer),可以富集菊科中的 1061 个直系同源基因,可以富集>700个位点

脊椎动物

myBaits UCE Tetrapods 2.5Kv1

含2560个探针(120 mer),可以富集脊椎动物中的 2386个UCE 位点,其中鸟类和爬行动物 2.2k,哺乳动物约1k

myBaits UCE Tetrapods 5Kv1

含5472 个探针(120mer) ,可以富集脊椎动物中的 5060个 UCE位点,其中鸟类和爬行动物 4k,哺乳动物约2-3k,两栖动物1k

mvBaits Tetrapods 5Kv2B

该版本已经针对化石或者粪便样本做过优化,探针的长度是80nt,与其他两款的区别:与 5KV1 版本覆盖物种基本相同,针对降解比较严重的样本效果会更好

蛛形纲

mvBaits UCE Arachnida 1.1Kv1

含14799个探针(120mer),可以富集蛛形纲(蜘蛛,螨虫,蝎子,盲蜘蛛及其近亲中的1120个 UCE 位点

蜘蛛目

myBaits UCE Spider 2Kv1

含15015个探针(120mer),可以富集蜘蛛目中>2000个UCE位点

鞘翅目

myBaits UCE Coleoptera 1.1Kv1

含13674个探针(120mer),可以富集鞘翅目中的 1172个 UCE 位点

双翅目

myBaits UCE Diptera 2.7Kv1

含31328 个探针(120mer),可以富集双翅目中的 2711个 UCE 位点

半翅目

myBaits UCE Hemiptera 2.7Kv1

含 40207 个探针(120 mer),可以富”集半翅目中的2731个UCE 位点

膜翅目

myBaits UCE Hymenoptera 1.5Kv1

含2749 个探针(120 mer),可以富集膜翅目(蚂蚁、蜜蜂、叶蜂和黄蜂)中的1510个UCE位点

myBaits UCE Hymenoptera 2.5Kv2P

HymV1的扩展版本,含 31829 个探针(120 mer),可以富集膜翅目(蚂蚁、蜜蜂、叶蜂和黄蜂)中的2590个UCE位点

myBaits UCE Hvmenoptera 2.5Kv2A

Hym2.5Kv2P的子集,仅含蚂蚁基因组探针9898个(120 mer),可以富集 2524 个UCE 位点和 16个核基因外显子区域(外显子根据四种远缘蚂蚁物种设计,共12个基因)

myBaits UCE Hymenoptera 2.5Kv2AB

Hym2.5Kv2P的子集,仅含蚂蚁和蜜蜂基因组探针 9332个(120 mer),可以富集 2545 个UCE 位点和 12个核基因外显子区域(7个基因)

鳞翅目

myBaits Lepidoptera 1.3Kv1

含 14363 个探针(120 mer),可以富集鳞翅目(蝴蝶、蛾类及其近缘物种)中1381个UCE位点

其他物种UCE可定制,详情请联系我们。现有定制案例:两栖类、珊瑚等。

 

 

 

 






参考文献

• B.C. Faircloth et al. (2015). Target enrichment of ultraconserved elements from arthropods provides a genomic  perspective on relationships among Hymenoptera. Molecular Ecology Resources 

• B.C. Faircloth et al. (2012). Ultraconserved Elements Anchor Thousands of Genetic Markers Spanning Multiple  Evolutionary Timescales. Systematic Biology 

• J.E. McCormack et al. (2016). Sequence capture of ultraconserved elements from bird museum specimens.  Molecular Ecology Resources 

• J. Starrett et al. (2017). High phylogenetic utility of an ultraconserved element probe set designed for Arachnida.  Molecular Ecology Resources


关于超保守元件(UCE)探针的更多信息,请联系我们!

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