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ChIP-Seq对样品有哪些要求?

发布时间:2022-03-17   点击次数:189次
  染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)是指对染色质免疫共沉淀(ChIP)获得的DNA的片段进行大规模测序,并能把所研究蛋白的DNA结合位点精确定位到基因组上。
  RocheGSFLXTitanium、IlluminaHiseq2000和ABSOLID4这3种测序技术均可以用于ChIP-seq,其中采用IlluminaHiseq2000进行ChIP-Seq已有较多文献报道。
  ChIP-Seq技术高质量、高通量、低成本的数据产出,为表观遗传组学研究奠定了技术基础。研究者可以在以下几方面展开研究:
  (1)判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰;
  (2)检测RNApolymeraseII及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位;
  (3)研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;
  (4)CTCF转录因子研究。
  ChIP-Seq有什么样品要求?
  (1)请提供浓度≥10ng/ul、总量≥20ng、OD260/280为1.8~2.2的DNA样品;若单次ChIP后DNA量不够,建议将2~3次ChIP的DNA合并在一起。
  (2)请提供DNA打断时检测胶图,要求打断后DNA电泳主带在100-500bp范围内;请对于ChIP获得DNA设计引物进行QPCR验证和定量,能够提供检测位点的检测报告。附阳性和阴性对照。
  (3)样品请置于1.5ml管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50ml带盖离心管中,再将50ml管放在封口袋中。为了防止低浓度样品黏附在离心管壁上,请使用non-sticktube运输DNA;建议使用冰袋运输,并且尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。

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