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小麦全外显子捕获

更新时间:2024-03-19

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厂商性质:生产厂家

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简要描述:
小麦全外显子捕获,myBaits Expert Wheat Exome 试剂盒已在数十种小麦品种上进行了实验验证,并证明了其在六倍体和四倍体品种中全面且具有SNP(单核苷酸多态性)和InDel(插入缺失标记)。

 

小麦全外显子捕获


myBaits Expert Wheat Exome 与国际小麦基因组测序联盟(IWGSC)合作开发,使用了IWGSC发布的中国春基因组和注释信息。靶向六倍体小麦中完整的高置信度且有基因注释的外显子区域,能够全面、统一、可靠地深入覆盖大干15 Gb的小麦基因组中超过250 Mb的CDS及其邻近区域。该panel包含两百多万条探针,运用优化算法设计,并经过实验进一步优化,兼容市面上已知的文库制备方法及测序平台。与全基因组测序相比,该panel大大降低了外显子组研究的测序和分析成本。

 

myBaits Expert Wheat Exome 试剂盒已在数十种小麦品种上进行了实验验证,并证明了其在六倍体和四倍体品种中全面且具有SNP(单核苷酸多态性)和InDel(插入缺失标记)。


 

产品特点

  • 覆盖区域全面 - 针对 250 Mb 基因组区间,包含所有的高置信度外显子基因注释区

  • 兼容性好 - 兼容各种 NGS文库,兼容短读长和长读长测序

  • 操作简单 - 流程简单易上手

  • 合作机构 - 与国际小麦基因组测序联盟(IWGSC)合作开发

  • 通用性高 - 与六倍体和四倍体小麦兼容

 

产品应用

  • 外显子测序

  • 品种改良

  • 基因分型

  • 变体发现

  • 关联遗传学

 

产品列表

 

产品货号 产品名称 产品规格
309108.v5 myBaits Expert Wheat Exome v1 Kit 8 Rxn 8 Rxn
309148.v5 myBaits Expert Wheat Exome v1 Kit 48 Rxn 48 Rxn
309196.v5 myBaits Expert Wheat Exome v1 Kit 96 Rxn 96 Rxn

 


 

 

实验数据

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图1. Curio Genomics 的不同品种覆盖度研究

图中为3个不同小麦品种的“γ麦醇溶蛋白1基因”的捕获测序结果,小麦全外显子捕获试剂盒在各个小麦品种中,表现出良好的重复性和稳定的覆盖度,并能检测出不同品种间*的覆盖度和多态性。

 

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图2. 其他小麦品种外显子捕获效率的预测与验证

小麦外显子捕获试剂盒根据六倍体中国春 IWGSCv1 的参考基因组设计,可以作为通用的谷类植物外显子和基因分型试剂盒。通过生信模拟可能的杂交位点与现有的基因注释进行建模,可以预测该探针集与其他谷类植物外显子的兼容情况。如图,展示了“生信预测的”vs“实验得到的”六倍体(T.aestivum)和四倍体(T.durum)小麦外显子捕获效率。

 

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图3. 8个品种样品单次反应捕获的目标覆盖率(左,绿色)和 on-target率(右,蓝色)

每个样本只需约18 Gb的测序数据。实验数据显示,该试剂盒表现稳定,在 >200 Mb 的目标区域中,*序列的平均覆盖率为 34x,在 IWGSC v1.1 高置信度外显子注释区有高达95%以上的重叠。

 

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表1. 小麦外显子捕获试剂盒的设计概要和reads精盖度指标

表1为小麦全外显子捕获试剂盒的3种设计方案,并通过实验比较其高置信外显子覆盖度。Exact:探针设计在每个外显子序列的起始和终止位点之间。+100bp padding:探针设计横跨外显子序列,以及每个外显子上游和下游的100 bp区域。+200bp padding:探针设计横跨外显子序列,以及每个外显子上游和下游的200 bp区域。经过比较,此试剂盒使用了设计方案3,覆盖了97%的高置信外显子。

 

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图4. 不同变异品种的捕获覆盖率

小麦全外显子试剂盒同时覆盖外显子及其附近的部分非外显子区域,使其成为一种六倍体和四倍体基因分型的有效工具。即使高度分化的野生二粒小麦(Zavitan),在SNV密度增强的区域也容易获得较高的覆盖深度。

 

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图5. Curio Genomics 平台提供小麦外显子富集探针集数据的实时编辑和分析


关于小麦全外显子捕获试剂盒的更多信息,欢迎联系我们!

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