蛋白质与DNA互作是基因转录调控的关键

　　蛋白质与DNA互作是基因转录调控的关键，也是启动基因转录的前提。蛋白质与DNA互作主要包括组蛋白、转录因子、DNA甲基化酶和染色质重塑复合物等。为了研究蛋白质-DNA互作，科学家发明了很多方法：凝胶阻滞、DNaseⅠ足迹实验、甲基化干扰、体内足迹、酵母杂交、ChIP-Seq等。其中ChIP-Seq可以真实、完整地反映结合在DNA序列上的靶蛋白，是目前研究蛋白质-DNA互作的经典方法。但该技术需要大量细胞，且步骤繁琐，耗时较长，因此，研究者不断在寻找新的替代方法。

　　DNA竞争实验（DNAcompetitiveassay）的具体做法如下：

　　在DNA-蛋白质结合的反应体系中加入了超量的非标记的竞争DNA（competitorDNA），如果它同探针DNA结合的是同一种转录因子蛋白质，那么由于竞争DNA与探针DNA相比是极大超量的，这样绝大部分转录因子蛋白质都会被竞争结合掉，而使探针DNA仍然处于自由的非结合状态，可以在电泳凝胶的放射自显影图片上就不会出现阻滞的条带；

　　如果反应体系中加入的竞争DNA并不能同探针DNA竞争结合同一种转录因子，结果在电泳凝胶中的放射自显影图片上就会出现阻滞的条带。

　　6、应用：

　　a、凝胶阻滞实验可以用于鉴定在特殊类型细胞蛋白质提取物中，是否存在能同某一特定的DNA（含有转录因子结合位点）结合的转录因子蛋白质；

　　b、DNA竞争实验可以用来检测转录因子蛋白质同DNA结合的精确序列部位；

　　c、通过竞争DNA中转录因子结合位点的碱基突变可以研究此种突变竞争性能及其转录因子结合作用的影响；

　　d、也可以利用DNA同特定转录因子的结合作用通过亲和层析来分离特定的转录因子。