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DAP-seq技术原理

更新时间:2024-03-19

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简要描述:
DAP-seq实验原理
100+物种,1000+转录因子的实战经验。
DAP-Seq将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合,不需要针对每个转录因子制备特异性抗体,所以DAP-Seq具有快速、高通量、节约时间成本等显著优势,比ChIP-seq更易于扩展。
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蓝景科信DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术服务

 

DAP-seq实验原理是基于DNA亲和纯化,通过体外表达转录因子鉴定TFBS的技术,具有不受抗体和物种限制,且高通量的优势,自该技术问世以来,已被广泛应用于转录调控和表观组学的研究。能帮助您快速找到转录因子的结合位点,寻找转录因子调控的靶基因。


 

DAP-seq流程.jpg

DAP-seq实验原理

 

在功能基因组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。然而,好的抗体可遇不可求,这限制了ChIP-seq更广泛的应用。


DAP-seq技术的出现,使TFBS 的研究不再局限于物种,不再受抗体质量的限制,为生命科学领域转录因子的研究提供了新的有效工具。

 

DAP-seq具有与ChIP-seq同样的功能。通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的转录因子,和基因组DNA文库在体外进行结合,然后分离出所有与转录因子结合的DNA,再使用高通量测序,找到转录因子的结合位点。

 

蓝景科信为您提供DAP-seq全流程技术服务和个性化数据分析,具有100多个物种,1000多个转录因子的实战经验。欢迎咨询。

 

 

客户发表文章:

2023年2月9日,浙江大学农业与生物技术学院的最新研究成果,发表在Molecular Plant期刊上(IF=21.949),文章题目为“Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of pigment glands in Gossypium bickii”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了比克氏棉子叶GoPGF的结合基序和下游靶基因。并进一步揭示了比克氏棉色素腺形态建成的调控网络,为培育具有特定性状的栽培棉花新品种提供了宝贵的基因资源。  

   2023年1月31日,西北农林科技大学园艺学院苹果重点实验室的最新研究成果,发表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005),文章题目为“MdERF114 enhances the resistance of apple roots to Fusarium solani by regulating the transcription of MdPRX63”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了苹果MdERF114的结合基序和靶基因。进一步研究揭示了MdERF114正向调控苹果根系抵御腐皮镰刀菌侵染的分子机制,为培育抗ADR的砧木提供了宝贵的基因资源。

     2023年01月03日,中南林业科技大学的最新研究成果,发表在Communications Biology 期刊上(IF=6.548),文章题目为“The bHLH-zip transcription factor SREBP regulates triterpenoid and lipid metabolisms in the medicinal fungus Ganoderma lingzhi”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了药用真菌灵芝中bHLH-zip转录因子SREBP的结合基序和靶基因。进一步研究揭示了SREBP调控灵芝中三萜类化合物和脂质代谢的分子机制,为提高灵芝物种的GA产量提供了宝贵的基因资源。

     2022年12月21日,中国农业科学院棉花研究所的研究成果发表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005),文章题目为“A brassinosteroid transcriptional regulatory network participates in regulating fiber elongation in cotton”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了陆地棉中BR信号通路核心转录因子GhBES1.4的结合基序和靶基因。揭示了GhBES1.4介导的BR调控棉纤维伸长的网络,为培育陆地棉优质纤维新品种提供了宝贵的基因资源。

       2022年10月,浙江大学农业与生物技术学院宋凤鸣课题组的最新研究成果,发表在学术期刊Journal of Integrative Plant Biology(IF=9.106)上,文章题目为“The NAC transcription factor ONAC083 negatively regulates rice immunity against Magnaporthe oryzae by directly activating transcription of the RING-H2 gene OsRFPH2-6”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq) 技术鉴定了水稻中转录因子ONAC083的结合基序和靶基因。进一步研究揭示了OsNAC083通过结合ACGCAA元件影响OsRFPH2-6转录,进而负调控水稻对稻瘟病的抗性。

     2022年9月,中国热带农业科学院热带生物技术研究所功能基因研究组在Plant Biotechnology Journal(IF=13.263)在线发表了题为 “A CC-type glutaredoxin, MeGRXC3, associates with catalases and negatively regulates drought tolerance in cassava (Manihot esculenta Crantz)” 的研究论文,证实了CC类谷氧还蛋白MeGRXC3可以在转录和转录后水平调控过氧化氢酶的活性、影响过氧化氢在叶片表皮不同类型细胞中的分布,从而调控木薯对干旱胁迫的响应。

        2022年8月,广西大学农学院甘蔗生物学重点实验室/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室张木清/姚伟研究团队在Journal of Experimental Botany(IF=7.298)在线发表了题为“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling”的研究论文,该研究发现了一个甘蔗新的AP2家族转录因子ScAIL1,通过靶向DELLA调节JA与GA合成,平衡植物生长与防御。

     2022年8月,安徽农业大学、中国水稻研究所和上海市农业科学院作物育种栽培研究所在The Plant Journal(IF=5.726)期刊联合发表了题为“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice”的文章,揭示了OsSGT1和ABI5相互作用,调控OsAPX1的表达,促进褪黑素改善种子在铬污染条件下萌发的分子机制。

       2022年8月,扬州大学生物科学与技术学院、植物功能基因组学教育部重点实验室高勇课题组在The Plant Cell(IF=12.085)上在线发表了题为“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid”的研究论文,揭示了光敏色素互作因子(phytochrome interacting factors, PIFs)通过协调红光和脱落酸(ABA)信号调节气孔开度的分子机制。

       2022年7月,北京市农林科学院玉米DNA指纹及分子育种北京市重点实验室、齐鲁师范大学玉米分子育种研究院的共同研究成果,在国际学术期刊Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)上发表,题目为“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles”。本文主要研究内容是鉴定了玉米花青素合成相关等位基因ZmR1CQ01,并揭示了3个ZmR1等位基因的生物学功能和分子调控机制。

       2022年5月,中科院植物所王雷研究组在Plant Physiology(IF=8.005)期刊上发表了题为“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance”的研究成果。该研究揭示了OsCCA1调控水稻适应盐胁迫、干旱胁迫以及渗透胁迫的分子机制。其中,该研究使用了DNA亲和纯化测序技术(DAP-seq,DNA Affinity Purification Sequencing),鉴定了水稻生物钟核心组分OsCCA1(Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1)调控的下游靶基因。

       2021年4月29日,重庆文理学院园林与生命科学学院陈泽雄教授的研究成果,发表在植物科学领域的学术期刊Plant Science(IF=5.363)上,文章题目为“A R2R3-MYB transcriptional activator LmMYB15 regulates chlorogenic acid biosynthesis and phenylpropanoid metabolism in Lonicera macranthoides”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq) 技术鉴定了金银花R2R3-MYB转录因子LmMYB15的DNA结合基序及其靶基因。进一步研究揭示了LmMYB15调控金银花CGA生物合成和苯丙素代谢的分子机制,该研究成果为利用基因工程策略开发富含CGA的金银花新品种提供了宝贵的基因资源。

       2020年4月,北京工商大学与蓝景科信合作,Biochemical and Biophysical Research Communications(IF=3.322)发表了题为“ Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling”的文章,为揭示PIFs转录因子调控ABA信号转导机制提供了重要线索。

       2019年9月,北京林业大学和蓝景科信合作,在植物学主流学术期刊Journal of Experimental Botany(IF=5.36)上,发表了题为“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H+-ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance”的研究成果。该研究借助DNA亲和纯化测序(DNA Affinity Purification Sequencing,DAP-seq)技术,深入揭示了胡杨耐盐的分子机制。


相关服务:

1、 凝胶阻滞实验(EMSA):DAP-seq后续验证服务。

2、 酵母单杂交:DAP-seq后续验证服务

3、 ChIP-seq:高效检测重组蛋白、转录因子在基因组的结合位点

4、 DAP-seq与RNA-seq联合分析: 分析转录因子的靶基因在RNA-seq数据中的表达变化,深入挖掘DAP-seq和RNA-seq测序数据,增加转录组测序的分析深度。

5、 DNA-pull down:鉴定与DNA结合的蛋白。

7、Halo Pull Down:检测已知蛋白质之间的相互作用,鉴定与已知蛋白相互作用的未知蛋白。

6、被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获测序服务:为研究被子植物的系统进化和分类、植物适应性机制、种群进化历史、种群的结构、基因渗透和漂移提供高效的整体解决方案,且适用多种样本类型。

 

 

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