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DAP-seq数据分析

更新时间:2024-03-19

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简要描述:
蓝景科信DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术服务实验分析流程
100+物种,1000+转录因子的实战经验。
无需抗体,高通量鉴定转录因子的下游基因,蓝景科信已助力客户在许多期刊发表文章,例如:Molecular Plant,The Plant Cell,Plant Physiology等。
品牌其他品牌适用领域科研
产地国产加工定制

蓝景科信DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术服务实验分析流程

 

在功能基因组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。然而,好的抗体可遇不可求,这限制了ChIP-seq更广泛的应用。

 

DAP-seq技术的出现,使TFBS 的研究不再局限于物种,不再受抗体质量的限制,为生命科学领域转录因子的研究提供了新的有效工具。

 

DAP-seq与ChIP-seq技术对比

 

技术名称 DAP-seq ChIP-seq
实验模式 体外 体内
是否需要特异性抗体
是否适用于非模式物种
时间成本
是否高通量

 

 

服务项目 周期 交付结果 报价
蛋白表达载体构建 1-2周

构建载体的测序结果

实验过程图

原始测序数据

分析结果

详细报价请电询

蛋白无细胞表达 1-2周
DAP-seq文库构建 1周
DNA亲和纯化 1-2周
上机测序 2周
标准数据分析 2周

 

 

                 
已做物种
植物
拟南芥 茎瘤芥 甘蓝型油菜 白菜型油菜 不结球白菜 菜心 小麦 大麦 花生
辣椒 番茄 草莓 黄花棘豆 苦荞 红薯 木薯 马铃薯 普通烟草
人参 鸭茅 ying su 甘蔗 短芒大麦草 二色补血草 烟草 百脉根 芍药
丹参 狗尾草 菠菜 玉米 大豆 高粱 藜麦 陆地棉 甜瓜
黄瓜 葡萄 灰毡毛忍冬 粉葛 三叶青 猕猴桃 香蕉 蒺藜苜蓿 紫花苜蓿
伴矿景天 苔藓 地钱 毛果杨 717杨 84K杨 小黑杨 胡杨 山新杨
小叶杨 欧美杨 大青杨 毛白杨 刚毛柽柳 白桦 光皮桦 油松 毛竹
麻竹 银杏 油桐 荔枝 柑橘 甜橙 欧洲云杉 核桃 柿子
闽楠 木荷 脐橙 板栗 杜梨 苹果
樱桃 麻疯树 茶树 月季 海岛棉      
动物
飞蝗 新孢子虫            
真菌
拟轮枝镰孢菌 猪苓真菌 意大利青霉 草酸青霉 腐霉 金黄壳囊孢 灵芝 糙皮侧耳 草菇
灰盖鬼伞 虫草 亚洲镰刀菌            
细菌
路德维希肠杆菌 嗜热厌氧杆菌 生氮假单胞菌 伯克赫尔德氏菌 布鲁氏菌 肺炎克雷伯菌      

 

 

合作案例:

Wang L, Yao J, Wu N, Ahmad B, Nocker S, Wu JY, Abudureheman R, Li Z, Wang XP. Control of ovule development in Vitis vinifera by VvMADS28 and interacting genes. Horticulture Research. 2023. doi: 10.1093/hr/uhad070. (IF=7.291)

 

Wang L, Tian T, Liang J, Li R, Xin X, Qi Y, Zhou Y, Fan Q, Ning G, Becana M, Duanmu D. A transcription factor of the NAC family regulates nitrate-induced legume nodule senescence. New Phytol. 2023 Mar 22. doi: 10.1111/nph.18896. (IF=10.323)

 

Sun Y, Han Y, Sheng K, Yang P, Cao Y, Li H, Zhu QH, Chen J, Zhu S, Zhao T. Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of pigment glands in Gossypium bickii. Mol Plant. 2023. doi: 10.1016/j.molp.2023.02.005. (IF=21.949)

 

Liu Y, Liu Q, Li X, Zhang Z, Ai S, Liu C, Ma F, Li C. MdERF114 enhances the resistance of apple roots to Fusarium solani by regulating the transcription of MdPRX63. Plant Physiol. 2023. doi: 10.1093/plphys/kiad057. (IF=8.005)

 

Liu YN, Wu FY, Tian RY, Shi YX, Xu ZQ, Liu JY, Huang J, Xue FF, Liu BY, Liu GQ. The bHLH-zip transcription factor SREBP regulates triterpenoid and lipid metabolisms in the medicinal fungus Ganoderma lingzhi. Commun Biol. 2023. doi: 10.1038/s42003-022-04154-6. (IF=6.548)

 

Liu L, Chen G, Li S, Gu Y, Lu L, Qanmber G, Mendu V, Liu Z, Li F, Yang Z. A brassinosteroid transcriptional regulatory network participates in regulating fiber elongation in cotton. Plant Physiol. 2022. doi: 10.1093/plphys/kiac590. (IF=8.005)

 

Li M, Hou L, Zhang C, Yang W, Liu X, Zhao H, Pang X, Li Y. Genome-Wide Identification of Direct Targets of ZjVND7 Reveals the Putative Roles of Whole-Genome Duplication in Sour Jujube in Regulating Xylem Vessel Differentiation and Drought Tolerance. Front Plant Sci. 2022 Feb 4;13:829765. doi: 10.3389/fpls.2022.829765. (IF=6.627)

 

Bi Y, Wang H, Yuan X, Yan Y, Li D, Song F. The NAC transcription factor ONAC083 negatively regulates rice immunity against Magnaporthe oryzae by directly activating transcription of the RING-H2 gene OsRFPH2-6. J Integr Plant Biol. 2022. doi: 10.1111/jipb.13399. (IF=9.106)

 

Guo X, Yu X, Xu Z, Zhao P, Zou L, Li W, Geng M, Zhang P, Peng M, Ruan M. CC-type glutaredoxin, MeGRXC3, associates with catalases and negatively regulates drought tolerance in cassava (Manihot esculenta Crantz). Plant Biotechnol J. 2022. doi: 10.1111/pbi.13920. (IF=13.263)

 

Chai Z, Fang J, Huang C, Huang R, Tan X, Chen B, Yao W, Zhang M. A novel transcription factor, ScAIL1, modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating gibberellin and jasmonic acid signaling in sugarcane. J Exp Bot. 2022. 73: 6727-6743. doi: 10.1093/jxb/erac339. (IF=7.298)

 

Li R, Zheng W, Yang R, Hu Q, Ma L, Zhang H. OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice. Plant J. 2022. 112: 151-171. doi: 10.1111/tpj.15937. (IF=5.726)

 

Li Q, Zhou L, Chen Y, Xiao N, Zhang D, Zhang M, Wang W, Zhang C, Zhang A, Li H, Chen J, Gao Y. Phytochrome interacting factor regulates stomatal aperture by coordinating red light and abscisic acid. Plant Cell. 2022. 34: 4293-4312. doi: 10.1093/plcell/koac244. (IF=12.085)

 

Luo M, Lu B, Shi Y, Zhao Y, Wei Z, Zhang C, Wang Y, Liu H, Shi Y, Yang J, Song W, Lu X, Fan Y, Xu L, Wang R, Zhao J. A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of different ZmR1 alleles. Theor Appl Genet. 2022. 135: 3039-3055. doi: 10.1007/s00122-022-04166-0. (IF=5.574)

 

Wei H, Xu H, Su C, Wang X, Wang L. Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance. Plant Physiol. 2022. 190: 1057-1073. doi: 10.1093/plphys/kiac196. (IF=8.005)

 

Tang N, Cao Z, Yang C, Ran D, Wu P, Gao H, He N, Liu G, Chen Z. A R2R3-MYB transcriptional activator LmMYB15 regulates chlorogenic acid biosynthesis and phenylpropanoid metabolism in Lonicera macranthoides. Plant Sci. 2021. 308: 110924. doi: 10.1016/j.plantsci.2021.110924. (IF=5.363)

 

Liang S, Gao X, Wang Y, Zhang H, Yin K, Chen S, Zhang M, Zhao R. Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling. Biochem Biophys Res Commun. 2020. 526: 1100-1105. doi: 10.1016/j.bbrc.2020.04.011. (IF=3.322)

 

Yao J, Shen Z, Zhang Y, Wu X, Wang J, Sa G, Zhang Y, Zhang H, Deng C, Liu J, Hou S, Zhang Y, Zhang Y, Zhao N, Deng S, Lin S, Zhao R, Chen S. Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H+-ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance. J Exp Bot. 2020. 71: 1527-1539. doi: 10.1093/jxb/erz493. (IF=5.36)

 

蓝景科信DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术服务实验分析流程

其他服务:

NGS测序服务:微生物多样性测序、RNA-seq、被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获测序

 

生物分子互作:DAP-seq、ChIP-seq,ATAC-seq,酵母单杂服务,EMSA,DNA Pull Down,Halo/GST pull down

 

蛋白表达:有原核/真核无细胞,大肠杆菌,酵母,昆虫细胞,哺乳细胞5种蛋白表达系统可供选择

 

DAP-seq是基于DNA亲和纯化,通过体外表达转录因子鉴定TFBS的技术,具有不受抗体和物种限制,且高通量的优势,自该技术问世以来,已被广泛应用于转录调控和表观组学的研究。能帮助您快速找到转录因子的结合位点,寻找转录因子调控的靶基因。

 

 

 

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