转录因子结合位点方法

转录因子结合位点方法

高通量检测转录因子或DNA结合蛋白

在基因组上的结合位点

在功能基因组学和表观遗传学研究中，转录因子结合位点(TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的ChlP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法，在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。

然而,好的抗体可遇不可求，

这限制了ChlP-seq更广泛的应用。

DAP-seq技术的出现,

使TFBS的研究不再局限于物种，

不再受抗体质量的限制,

为生命科学和医学领域转录因子的研究提供了新的有效工具。

生信分析

1

对原始数据进行去除接头、污染序列及低

Peak序列模式发掘(motif search)

质量reads的处理

已知motif注释

数据产出统计

Peak相关基因鉴定

3参考序列比对分析

1Peak相关基因的GO和KEGG富集分析

测序reads富集区域扫描(peak calling)

Peak长度分布统计

1

测序数据的差异分析(>=2个样本)

Peak在基因功能元件上的分布统计

1测序数据的可视化分析

项目可行性分析

本地保存成功

x

开展项目之前,我们会根据您具体的转录因子做可行性分析报告,供您参考,从多个方面进行可行性分析,包括转录因子分子量,亚细胞定位预测,跨膜区预测,蛋白质结构域预测、翻译后修饰预测,并且根据文献报道和我们的经验来进行可行性分析。

转录因子结合位点方法

相关服务：

1、 凝胶阻滞实验（EMSA）：DAP-seq后续验证服务。

2、 酵母单杂交：DAP-seq后续验证服务

3、 ChIP-seq：高效检测重组蛋白、转录因子在基因组的结合位点

4、 DAP-seq与RNA-seq联合分析： 分析转录因子的靶基因在RNA-seq数据中的表达变化，深入挖掘DAP-seq和RNA-seq测序数据，增加转录组测序的分析深度。

5、 DNA-pull down：鉴定与DNA结合的蛋白。

6、 精美的论文图片设计与制作：专业设计师，设计精美论文插图，提升论文的严谨性和美观度。

DAP-seq是基于DNA亲和纯化，通过体外表达转录因子鉴定TFBS的技术，具有不受抗体和物种限制，且高通量的优势，自该技术问世以来，已被广泛应用于转录调控和表观组学的研究。能帮助您快速找到转录因子的结合位点，寻找转录因子调控的靶基因。