更新时间:2022-02-25
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转录因子结合位点方法
高通量检测转录因子或DNA结合蛋白
在基因组上的结合位点
在功能基因组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的ChlP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。
然而,好的抗体可遇不可求,
这限制了ChlP-seq更广泛的应用。
DAP-seq技术的出现,
使TFBS的研究不再局限于物种,
不再受抗体质量的限制,
为生命科学和医学领域转录因子的研究提供了新的有效工具。
生信分析
1
对原始数据进行去除接头、污染序列及低
Peak序列模式发掘(motif search)
质量reads的处理
已知motif注释
数据产出统计
Peak相关基因鉴定
3参考序列比对分析
1Peak相关基因的GO和KEGG富集分析
测序reads富集区域扫描(peak calling)
Peak长度分布统计
1
测序数据的差异分析(>=2个样本)
Peak在基因功能元件上的分布统计
1测序数据的可视化分析
项目可行性分析
本地保存成功
x
开展项目之前,我们会根据您具体的转录因子做可行性分析报告,供您参考,从多个方面进行可行性分析,包括转录因子分子量,亚细胞定位预测,跨膜区预测,蛋白质结构域预测、翻译后修饰预测,并且根据文献报道和我们的经验来进行可行性分析。
转录因子结合位点方法
相关服务:
1、 凝胶阻滞实验(EMSA):DAP-seq后续验证服务。
2、 酵母单杂交:DAP-seq后续验证服务
3、 ChIP-seq:高效检测重组蛋白、转录因子在基因组的结合位点
4、 DAP-seq与RNA-seq联合分析: 分析转录因子的靶基因在RNA-seq数据中的表达变化,深入挖掘DAP-seq和RNA-seq测序数据,增加转录组测序的分析深度。
5、 DNA-pull down:鉴定与DNA结合的蛋白。
6、 精美的论文图片设计与制作:专业设计师,设计精美论文插图,提升论文的严谨性和美观度。
DAP-seq是基于DNA亲和纯化,通过体外表达转录因子鉴定TFBS的技术,具有不受抗体和物种限制,且高通量的优势,自该技术问世以来,已被广泛应用于转录调控和表观组学的研究。能帮助您快速找到转录因子的结合位点,寻找转录因子调控的靶基因。
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