实验流程
1.试剂准备
1.1.实验前应用力振荡几次预分装深孔板,避免液体残留在封口膜上。检查溶液是否有沉淀,磁珠是否能重悬。
2.操作步骤
2.1.根据不同样本类型选择对应步骤进行处理
A.病毒、支原体、衣原体类核酸提取:取200~300 μL液体样本、20 μL蛋白酶K直接加至预分装深孔板第1/7列的孔中,按照步骤2.4操作直接上机提取,无需进行前处理。
B.非真菌类、易裂解微生物核酸提取:取350~400 μL液体样本至研磨管中,加入40 μL裂解加强液、20 μL蛋白酶K,高速涡旋1分钟混匀。
易裂解细菌:革兰氏阴性菌如大肠杆菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团菌、百日咳杆菌等。
C.真菌类、难裂解微生物核酸提取:取350~400 μL液体样本至研磨管中,再加入40 μL裂解加强液、20 μL蛋白酶K,在涡旋仪最大转速涡旋30分钟或转移至震荡破碎仪高速研磨样本10分钟(不同品牌震荡破碎仪,请选择仪器推荐程序)。
真菌:白假丝酵母菌、热带假丝酵母菌、黄曲霉、青霉菌。
难裂解细菌:革兰氏阳性菌如葡萄球菌、霉菌、肺炎链球菌等。
注意事项:
拭子类保护液可能含有高浓度胍盐,会与裂解加强液反应导致提取效果不佳;如确需提取该类样本,无需加入裂解加强液,步骤2.1处理完后,按照步骤2.4继续操作。
全血样本:如脐带血,骨髓血这些细胞含量高的全血,提取过程中可能会出现磁珠残留或颜色残留,建议将样本用生理盐水或PBS稀释后再进行核酸提取,或联系厂家推荐其它试剂和方案。
痰液样本:提取过程中容易出现磁珠残留,建议将样本用生理盐水或PBS稀释后再进行核酸提取。
2.2.转至水浴锅或干式恒温仪中,70℃温浴20分钟进一步裂解样本,裂解后取出涡旋混匀30秒。
2.3.若裂解后溶液出现浑浊,10,000×g离心1分钟;若裂解后溶液清澈透明,瞬时离心30秒即可。
备注:如木霉菌等真菌离心后上清有颜色,可额外购买我司沉淀液SPS,按以下流程操作:取300 μL离心后上清到新的离心管中,加入100 μL沉淀液SPS混匀后,4℃冰浴10分钟,10,000×g离心3分钟后取上清上机。
2.4.对于32通道全自动核酸提取仪 (仪器型号:Mypure 32)
2.4.1.把预分装深孔板平放于桌面,轻轻拍打几下让孔壁上的液滴滴回孔中,小心去除封口膜。
2.4.2.吸取200~300 μL步骤2.3的上清溶液,加入预分装深孔板第1/7列的孔中,小心吸取,避免吸到沉淀或玻璃珠,每块预分装深孔板可以处理16个样本。
2.4.3.将深孔板放入核酸提取纯化仪的底座卡位上,在磁棒套卡槽中插入8联磁棒套,选择“病原微生物总核酸提取"程序,依次点击打开-准备运行进行提取。
注意:即使只提取1个样本,也需要装上2个8联磁棒套,以避免磁棒直接接触试剂。
注意:保持深孔板以第1列在左,第12列在右的方向放入底座卡位,如放置错误,无法获得核酸。
2.4.4.提取的核酸在第6/12列的孔中,如果不立即使用,请转移至1.5 mL无菌无核酸酶的离心管中,存储于-15~-25℃,长期保存请放置于-70℃或更低的温度。
注意:在进行下游PCR或QPCR检测前,对于双链RNA病毒如轮状病毒、传染性胰坏死病毒、传染性法氏囊病病毒、果蝇的X病毒、双瓣软体动物的Tellina病毒(TV)和牡蛎病毒(Oyster virus,OV)等,建议先将双链RNA经90℃变性5分钟后,迅速降温至4℃,再进行逆转录及后续PCR。